私が研究をする過程で効率良く実験が出来るようにアレンジしたプロトコールです．
PCR
PCRに用いる酵素: 目的に応じて使い分ける。長いfragment (>3kbp) ならLong PCR, 正確性が求められるならHiFi or pfu。
Cloning vectorがToPo-TA系の場合pfuを使ってはいけない。正確性および5'端平滑を求めるならpfu.
PCR産物の精製；目的に応じて適切な方法を選ぶ。
比較的少量から多量なスケールでDNAをきれいにしたい場合。ミニプレップしたplasmid DNAを鋳型にsequence反応に用いる場合やPrimerの除去など。安い。
フェノール/クロロフォルム，エタノール沈殿: 通常の場合？ 最近あまり使わない。
Centricon100: 多量な産物からのPrimerの除去 とバッファー交換。
Glass filter: Primerの除去が必要な場合（Sequence反応）
96ウェルフォーマットでの精製：large-scale in situ hybridiationの際のcDNAの精製。プローブ合成の鋳型でもある。
RNA purification
Extraction of total RNA by the AGPC Method
cDNA合成
Cell culture
Plasmid DNA preparation
Acid phenol法：トランスフェクションに用いるプラスミドDNAはForm Iであることが望ましい。 Form Iと他のフォームのプラスミドDNAを分離する方法はセシウムクロライドを用いた超遠心法とAcid phenol法以外に無い。Acid phenol法は簡便で再現性がある良い方法である。
Other DNA preparation
Glass powder method
Centricon 100
Glass filter such as Qiaquick
96 well formate purification of PCR fragments
Electrophoresis
Filter Hybridization
Competitor DNA for Genomic repeat
in situ hybridization
in situ hybridization protocol in a 96-well plate
免疫学的手法
Monoclonal 抗体作製
組織の固定とワックスへの包埋
Xenopus laevis
Bleaching and clearing embryos