PCR primerのデザイン法
060923
Oligo 4.0-sを立ち上げる。
FileからOpenを選びnucleotide配列のファイルを開く。
Oligonucleotideの長さを決める。通常20とする。Change～oligonucleotede lenght
自動でUpperを決めてからLowerを決める方法，あるいはLowerを決めてからUpperを決める方法がある。あるいはまずUpper or Lowerを決めてから，マニュアルで反対側を決める方法がある。後者，Upperを決めてからLowerを決める方法を説明する。
(I) Upper Primer を決める。
Search～Primers & Probes
+strand primerを選択しGo. もしここでオリゴが見つからない場合条件をゆるくする必要がある。その場合，Search-Primers & ProbesからParameterを選択する。
１．Check for Duplexes Starting at Nucleotide □to 20の□の中を20の半分，すなわち10とする。
２．Determine Unique 3'-ends Based on □を7から8に変更する。
３．Change Max Length of Acceptable Duplexを2から3に変更する。
４．Set Terminal Stability Thresholdを-8.5から-9.5に変更する。
以上の方法でUpper Primerの候補を決定する。
(II) Upper Primerに適したLower Primerを決める。
1. Memory tableに示された候補のオリゴを選択してSelect～Upper Primer で選択（コマンドUでもOK, ただしフォントを英文にしておく事）。
2. Search～Primers & Probes, Primers Compatible with the Upper Primerを選択し，Ｇo.
3. 適切なオリゴが選ばれなければ1.の操作を繰り返す。
それでも適切なオリゴが見いだせない場合には条件を緩めること。
以上の操作で適切なオリゴのペアーを見いだす。Lower PrimerについてもMemory tableからオリゴを選択し，Select～Lower Primer (コマンドL)でオリゴを選択する。
(III) WindowからSelected Primersを選び，File～Save を選びファイルを保存する。さらにAnalyze～DNA amplificationを選択して，PCR条件を開きFile～Saveを行なう。
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